Come posso continuare ad usare i salvataggi una volta aggiunto un dump nella schedina? Ogni volta mi resetta tutto e devo ricominciare tutti i giochi da capo?!?

Nessuno mi aiuta?

Non è normale che li resetti, fai questa prova:
avvia un gioco, salva e torna alla Home del 3ds, cambia gioco premendo il pulsante blu e spegni solo dopo che è stato caricato.
A questo punto aggiungi un gioco tramite il DiskWriter e verifica se il salvataggio è sempre presente: non lo fosse potrebbe essere colpa della Microsd, ti consiglio di fare la stessa prova con una microsd diversa.

Ma i salvataggi teoricamente vengono salvati sulla micro sd presente sulla Sky3DS o in quella presente all'interno del 3DS?

Sicuramente sulla microsd inserita nella Sky3DS.